Sirianul a fost trimis în judecată în anul 2006, fiind acuzat că a adus statului un prejudiciu de 500.000 de euro prin contrabandă cu ţigări.
În octombrie 2012, Tribunalul Bucureşti l-a achitat, dar instanţa de apel l-a condamnat la 5 ani de închisoare şi plata a 2.000.000 de lei despăgubiri către Fisc, în solidar cu alte două persoane.
Anchetatorii au stabilit că, începând din 1990, Iskandarani a avut un rol important în contrafacerea şi contrabanda cu ţigări, fiind proprietarul unei fabrici din localitatea Jimbolia, judeţul Timiş. Potrivit acestora, ţigările erau destinate atât pieţei din Europa de Vest, cât şi Orientului Mijlociu. Tutunul era livrat de la o firmă din Liban, care ar fi controlată de familia lui Iskandarani.
Probele administrate au arătat implicarea lui Zaher Iskandarani, Iovescu Eugen şi Ghannoum Obayda în contrabanda cu utilaje de producţie de ţigarete importate din Italia.
Totodată, Zaher Iskandarani şi-ar fi creat o reţea de distribuţie a ţigaretelor contrafăcute, produse în fabrica de la Săcălaz. În perioada 2004-2005, Zaher Iskandarani ar fi coordonat şi controlat întreaga activitate a firmelor şi fabricilor de ţigarete, dar şi de producţia de alcool în fabrica de la Lenanheim, judeţul Timiş.
La sfârşitul anului 2005, în urma unor percheziţii la fabricile şi domiciliile lui Zaher şi a celor trei complici, anchetatorii au descoperit matriţe, trimbre fiscale româneşti falsificate, cantităţi mari de ţigări şi cartoane pentru pachete.
Zaher Iskandarani a fost arestat preventiv în 2005, tot pentru acuzaţii legate de contrabanda cu ţigări şi alcool, ulterior fiind eliberat.
Totodată, Iskandarani este cercetat de către procurorii DIICOT Timişoara într-un dosar privind furtul de energie electrică. Potrivit anchetatorilor, prejudiciul cauzat de Iskandarani în dosarul furtului de curent electric este de 25.000 de lei.