Vasile Cepoi a fost ministru al Sănătății în perioada 7 mai — 3 octombrie 2012 în Guvernul Ponta I.
El a demisionat în contextul unei sesizări pe care Agenția Națională de Integritate a făcut la vremea respectivă către Direcția Națională Anticorupție în vederea cercetării ministrului Cepoi pentru săvârșirea infracțiunilor de conflict de interese, infracțiuni împotriva intereselor financiare ale Comunității Europene, precum și a celor asimilate infracțiunilor de corupție, în legătură cu derularea unui proiect finanțat prin POSDRU, pe vremea când acesta era director al Direcției de Sănătate Publică Iași.
Pe 17 martie 2013, Cepoi anunța că Departamentul pentru Lupta Antifraudă, care a efectuat o anchetă în cazul său, „nu a găsit nereguli”.
„Am primit o hârtie de la DNA prin care sunt anunțat că nu se va începe urmărirea penală”, declara, pentru AGERPRES, Vasile Cepoi, la vremea aceea consilier de stat în cadrul Cancelariei primului-ministru.
Ulterior, pe 29 iulie 2014, Cepoi a fost numit președinte al Comisiei Naționale de Acreditare a Spitalelor.