Procurorii de la Parchetul de pe lângă Înalta Cute de Casaţie şi Justiţie au deschis în anul 2014 un dosar în care a fost începută urmărirea penală pentru neglijenţă în serviciu, în cauză fiind efectuate mai multe audieri. În urma cercetărilor anchetatorii au calculat un prejudiciu de două milioane de euro, fapt ce atrage competenţa DNA privind continuarea investigaţiilor, cauza fiind declinată către procurorii anticorupţie care vor face în continuare cercetările.
Parchetul Înaltei Curţi de Casaţie şi Justiţie (PICCJ) a început urmărirea penală faţă de faptă, în anul 2014, în cazul Institutului Cantacuzino, pentru neglijenţă în serviciu şi efectuarea unui studiu clinic fără respectarea normelor de bună practică, cercetările fiind dematare în urma unei sesizări a Corpului de control al primului ministru.
Consiliul Suprem de Apărare a Ţării a apreciat, în anul 2014, că din cauza managementului defectuos exercitat de conducerile succesive ale Institutului „Cantacuzino”, din cauza nerespectării procedurilor, a controlului defectuos al procesului de producţie, dar şi a implicării improprii a Ministerului Sănătăţii, s-au înregistrat deficienţe care pot genera vulnerabilităţi la adresa stării de sănătate a populaţiei şi că se impune luarea unor măsuri pentru remedierea tuturor acestor deficienţe şi pentru prevenirea repetării acestora.
Ministrul Sănătăţii preciza, în 28 martie 2014, că raportul Organizaţiei Mondiale a Sănătăţii privind vaccinul contaminat de la Institutul Cantacuzino a fost trimis de CSAT Parchetului instanţei supreme şi Curţii Constituţionale.
Experţii OMS au făcut, în perioada 25-27 februarie, verificări la Institutul Cantacuzino din Bucureşti, după ce acesta a produs 400.000 de doze de vaccin antigripal, care însă nu au putut fi folosite, întrucât rezultatele testelor au indicat o concentraţie foarte mare de endotoxine, care puteau să producă la administrare reacţii adverse, precum febră sau şoc anafilactic.
În anul 2013, Ministerul Sănătăţii a achiziţionat 600.000 de doze de vaccin antigripal din import, pentru campania de vaccinare 2013-2014. Institutul Cantacuzino urma să pună la dispoziţie alte 400.000 de doze, în anul 2014.
Anul 2012 a fost primul în care în campania de imunizare gratuită împotriva gripei nu au mai fost folosite vaccinuri de la Institutul Cantacuzino, după ce, în ianuarie 2012, multe loturi cu doze fabricate la acest institut au fost retrase, din cauza unei concentraţii scăzute a tulpinei B, linia de producţie a fiolelor fiind ulterior închisă.
Institutul Cantacuzino, care se număra printre cei mai apreciaţi producători de imunologice din lume, şi-a început declinul în februarie 2010, după ce Agenţia Naţională a Medicamentului i-a retras autorizaţia de punere pe piaţă a produselor injectabile, inclusiv a vaccinurilor, întrucât îi expirase standardul de bune practici de fabricaţie. În aceste condiţii, unele programe naţionale de imunizare au fost blocate timp de mai multe luni, iar autorităţile au fost obligate să importe vaccinuri.