Neaga a fost chemat la DNA pentru a fi audiat în dosarul privind construcţia autostrăzii Sibiu-Orăştie, în care este acuzat din 2015 de abuz în serviciu şi cercetat sub control judiciar pe cauţiune. Procurorii au dispus şi prelungirea măsurii controlului judiciar.
Narcis Neaga a fost demis din fruntea instituţiei în decembrie 2015, ca urmare a unei inspecţii a Corpului de control al Ministerului Transporturilor cu privire la unele nereguli depistate în construcţia autostrăzii Sibiu-Orăştie. În decembrie 2015 el a fost inculpat şi de DNA într-un dosar deschis pe această temă.