Zaher Iskandarani a fost trimis în judecată, în 15 iunie 2006, fiind acuzat de infracţiuni privind operaţiunile vamale ilicite cu utilaje de producţie a ţigărilor şi alcoolului, în afara antrepozitului fiscal, precum şi ascunderea sursei impozabile, prejudiciul adus statului fiind de aproape două milioane de lei noi (aproape 580.000 de euro).
Anchetatorii au stabilit că, începând din 1990, Iskandarani a avut un rol important în contrafacerea şi contrabanda cu ţigări, fiind proprietarul unei fabrici din localitatea Jimbolia, judeţul Timiş. Potrivit acestora, ţigările erau destinate atât pieţei din Europa de Vest, cât şi Orientului Mijlociu. Tutunul era livrat de la o firmă din Liban, care ar fi controlată de familia lui Iskandarani.
Probele administrate au arătat implicarea lui Zaher Iskandarani, Iovescu Eugen şi Ghannoum Obayda în contrabanda cu utilaje de producţie de ţigarete importate din Italia.
Totodată, Zaher Iskandarani şi-ar fi creat o reţea de distribuţie a ţigaretelor contrafăcute, produse în fabrica de la Săcălaz. În perioada 2004-2005, Zaher Iskandarani ar fi coordonat şi controlat întreaga activitate a firmelor şi fabricilor de ţigarete, dar şi de producţia de alcool în fabrica de la Lenanheim, judeţul Timiş.
La sfârşitul anului 2005, în urma unor percheziţii la fabricile şi domiciliile lui Zaher şi a celor trei complici, anchetatorii au descoperit matriţe, trimbre fiscale româneşti falsificate, cantităţi mari de ţigări şi cartoane pentru pachete.
Zaher Iskandarani a fost arestat preventiv în 2005, tot pentru acuzaţii legate de contrabanda cu ţigări şi alcool, ulterior fiind eliberat.
Totodată, Iskandarani este cercetat de către procurorii DIICOT Timişoara într-un dosar privind furtul de energie electrică. Potrivit anchetatorilor, prejudiciul cauzat de Iskandarani în dosarul furtului de curent electric este de 25.000 de lei.