Reţinută în mai multe ocazii de autorităţile ruse, corespondenta ziarului Novaia Gazeta a obţinut faima internaţională odată cu cartea „Războiul murdar”, o colecţie de articole despre al doilea conflict din Cecenia, care a început în 1999.
A călătorit de multe ori în Cecenia şi Nordul Caucazului, chiar atunci când conflictul era mai aprig, iar informaţiile trimise de ea descriau ororile unui război în care majoritatea victimelor erau civili.
În 2004, a primit premiul Olof Palme pentru drepturile omului.
O altă carte a Annei Politkovskaia, „Rusia lui Putin: Viaţa într-o democraţie eşuată”, critica vehement politicile preşedintelui Putin, inclusiv implicarea în cel de-al doilea război din Cecenia. Ea a acuzat FSB-ul şi pe Putin că încalcă flagrant libertăţile civile pentru a instaura o dictatura de tip sovietic.
Stilul ei polemic i-a adus multe critici în Rusia, dar articolele ei au meritul de a fi arătat o altă faţă a conflictului din Cecenia. Anna a riscat foarte mult publicând articole adesea controversate şi relatând din zone de război. Pentru reportajele ei „fără draperii”, Anna a primit şi multe ameninţări cu moartea.
În octombrie 2002, ea a fost unul dintre puţinii oameni care au intrat în teatrul din Mosova, unde militanţii ceceni ţineau sute de ostatici, pentru a negocia cu ei.
În 2004, jurnalista de investigaţii a încercat să ajungă în Beslan în timpul crizei ostaticilor de la şcoală, dar s-a îmbolnăvit subit în avionul care o transporta acolo, mulţi zicând că a fost otrăvită.
Subiectul care i-a provocat cele mai multe probleme poate este cel al exploziilor în serie din mai multe apartamente din Rusia, puse în seama cecenilor. Exploziile în patru blocuri de locuinţe au avut loc în Buinaksk, Moscova şi Volgodonsk, în septembrie 1999. În urma lor 293 de persoane au murit şi 651 au fost rănite.
Anna, ca şi mulţi alţi opozanţi au regimului, a speculat că exploziile din 1999 au fost orchestrate de FSB pentru a câştiga suportul publicului pentru un nou război în Cecenia, şi pentru a spori popularitatea lui Vladimir Putin, care urma să candideze la alegerile prezidenţiale.
Pe 7 octombrie 2006, jurnalista a fost găsită moartă în blocul în care locuia, cu un revolver Makarov de 9 milimetri lângă ea.
Moartea ei a declanşat un val de reacţii la nivel internaţional. Vladimir Putin, preşedinte al Rusiei în acel moment, a păstrat o tăcere absolută asupra subiectului timp de trei zile. Primele remarci asupra crimei au fost extrem de caustice, acesta notând că „nivelul influenţei acesteia asupra vieţii politice din Rusia a fost absolut insignifiant”.
Investigatorii şi colegii jurnalistei au concluzionat că cineva a comandat asasinatul şi că statul ar putea fi implicat. Editorul Annei de la Novaia Gazeta, Dmitri A. Muratov, a susţinut de la început că aceasta a fost ucisă din cauză că investigaţiile sale ameninţau interesele financiare ale unor oameni influenţi din Rusia.
Dar autorităţile susţin că asasinatul a fost comandat din afară de inamici ai guvernului – probabil o referinţă la milionarul Boris A. Berezovski, exilat la Londra.
Procurorul Yuri Chaika a declarat la o conferinţă de presă în august 2007 că ucigaşii sperau prin asasinarea jurnalistei „să creeze o situaţie de criză şi să aducă înapoi vechiul sistem de management în care banii şi oligarhii decideau tot”.
Dintre cei 10 bărbaţi arestaţi iniţial în cazul asasinatului, trei au fost acuzaţi de crimă: fraţii ceceni Ibragim şi Dzhabrail Makhmudov şi Sergei Khadzhikurbanov, un fost detectiv de poliţie.
Pavel A. Riaguzov a fost acuzat de legături cu criminalii, dar fără a avea un rol cu crima în sine. Colonelul Riaguzov era un oficial din cadrul FSB-ului, succesorul KGB-ului.
Pe 19 februrarie 2009, cei trei bărbaţi au fost achitaţi de acuzaţiile de crimă. La o zi după achitări, cazul a fost redeschis pe motiv că au existat nereguli în desfăşurarea procesului, iar juriul a fost dezinformat.
Pe 25 iunie 2009, Curtea Supremă din Rusia a revocat achitarea celor patru bărbaţi implicaţi în uciderea jurnalistei.
Procurorii au stabilit în 2011 că un al treilea frate, Rustam Makhmudov, a fost cel care a tras în jurnalistă. El a fost arestat în mai în Cecenia. Ceilalţi doi frati ai sai au fost acuzaţi ca au avut şi ei un rol în crimă, unul stând de pază şi celălalt fiind şofer pentru maşina în care au fugit.
Cea mai recentă arestarea în cazul Politkovskaia a avut loc pe 24 august 2011, când autorităţile ruseşti au arestat un ofiţer de poliţie pensionat, acesta fiind suspectat ca ar fi organizat uciderea jurnalistei. Ancheta poliţiei a dus la arestarea poliţistului, însă nu a arătat cine a comandat crima.
Locotenent colonelul Dmitri Pavliuchenkov „a fost plătit de o persoană a cărei identitate nu este cunoscută”, pentru a organiza crima, a declarat un purtator de cuvânt al comitetului de anchetă.