Lupta finală s-a dat între Mohamed Morsi şi Ahmed Shafiq, fostul premier al lui Hosni Mubarak.
Islamistul Morsi a obţinut cele mai multe voturi. El s-a impus cu o platformă puternic religioasă şi cu promisiunea unui nivel de trai mai ridicat. Acesta a fost ales cu 13 milioane de voturi, a anunţat Comisia Electorală, faţă de 12 milioane înregistrate de rivalul său, Ahmad Shafiq.
Parlamentul de la Cairo a fost dizolvat chiar înaintea scrutinului, iar ţara nu are o constituţie care să stabilească atribuţiile noului şef de stat. În aceste condiţii, administraţia militară a redactat o lege fundamentală provizorie, care a stârnit însă şi mai mult scandal. Documentul a fost contestat de o mare parte a populaţiei, pe motiv că acordă puteri prea mari armatei.