În octombrie 2009, Baba (44 de ani) a fost numit secretar de stat la Ministerul Educaţiei, pentru ca ulterior să revină, cu aceeaşi funcţie, în aparatul de lucru al primului-ministru.
De la Cancelaria lui Boc, înapoi la Ministerul Educaţiei
Astfel, a lucrat în 2009 ca şef al Cancelariei premierului şi ulterior, după desfiinţarea Cancelariei, ca şi consilier de stat al premierului. Postul de secretar de stat a fost transferat de la aparatul de lucru al premierului la Ministerul Educaţiei, în martie 2011, pentru coordonarea modului de aplicare a Legii Educaţiei.
În 2010, Guvernul l-a nominalizat pe Baba pentru a ocupa postul de membru în Consiliul de Administraţie al SRTV.
Scandal cu iz de nepotism
Cătălin Baba este absolvent al Facultăţii de Medicină Veterinară, Universitatea de Ştiinţe Agricole, al Facultăţii de Ştiinţe Politice şi Administrative,Universitatea Babeş-Bolyai din Cluj-Napoca, având diplomă de licenţă în medicină veterinară şi de doctor în ştiinţe politice.
Conform unor dezvăluiri ale ziarului „Jurnalul Naţional”, din 2009, Cătălin Baba ar fi fost implicat în mai multe cazuri de nepotism la Universitatea Babeş Bolyai din Cluj-Napoca. În 2005, Cătălin Baba solicita o derogare de medie, astfel încât să fie acceptate unele candidaturi pentru câteva posturi în facultate. Printre aceste persoane se aflau viitoarea sa soţie Alina Cherecheş, viitorul cumnat Rareş Cherecheş, dar şi doi dintre finii săi.
De asemenea, Baba intervenea şi pentru Paul Zai, nepotul unui profesor pe care l-a sprijinit să obţină ilegal un post, unde mai apoi soţia sa şi-a făcut doctoratul primind note maxime, dezvăluia „Jurnalul Naţional” în 2009. În acelaşi articol se preciza că un student favorizat al facultăţii păstorite de Baba, era chiar consilierul ministrului Dezvoltării Regionale de la acea vreme, Vasile Blaga.
Un demnitar modest
Potrivit declaraţiei de avere postate pe siteul Ministerului Educaţiei, Cercetării, Tineretului şi Sportului, Cătălin Baba nu este un demnitar foarte avut. El a declarat două conturi deschise la o bancă din Cluj-Napoca, unul în lei, de 20.000 de lei, şi unul în euro, de 30.000 de euro. De altfel, acesta are şi un credit contratat în 2005, cu scadenţa în 2030, de 35.000 de euro.
Cătălin Baba declară că este posesorul unei maşini modeste, o Dacia Supernova. De asemenea, el deţine două terenuri în Cluj-Napoca, unul pe numele său, de 583 de metri pătraţi, şi unul pe numele nevestei, Alina Baba, de 3.500 de metri pătraţi.
Potrivit documentului citat, Cătălin Baba a obţinut în 2010 venituri în valoare de 52.374 lei, de la Universitatea Babeş Bolyai din Cluj-Napoca, de 29.798 lei, de la Ministerul Educaţiei, de 19.579, de la Secretariatul general al Guvernului, şi de 15.768 de la SRTV, bani donaţi din Fondul Solidaritatea.