În realitate, este vorba despre un manuscris cifrat misterios, al cărui autor nu este cunoscut, la fel ca data apariției. Numeroşi cercetători şi criptografi au încercat zadarnic să descifreze misterioasa scriere, de-a lungul anilor.
Prima impresie, lăsată de imaginile din text, ar fi aceea că documentul este unul cu scop farmaceutic, servind cel mai probabil, ca manual, în medicina timpurie. Nici varianta alchimiei nu este de lepădat, căci pentru mult timp s-a crezut că informațiile oferite în manuscris duc la transformarea metalelor în aur, sau la descoperirea Pietrei Filozofale.
Nici teoriile pseudoștiințifice nu au întârziat să apară, mulți pasionați de criptologie fiind convinși că manuscrisul Voynich este, nici mai mult, nici mai puțin, decât un manual cu instrucțiuni lăsat omenirii, de către o rasă extraterestră. Dacă scrierea reprezintă o necunoscută, imaginile, care ar fi trebuit să ofere mai multe informații și care se găsesc aproape pe fiecare pagină, sunt de-a dreptul bizare: plante necunoscute pe pământ, figuri feminine, majoritatea nud, ce par a se scălda în bazine de forma unor organe interne umane, legate între ele, prin ciudate conexiuni tubulare, semne zodiacale complicate si reprezentări ale unor posibile constelații sau grupuri stelare necunoscute.