Manoloiu este urmărit penal de procurorii Parchetului de pe lângă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie, fiind acuzat de abuz în serviciu în dosarul „Referendumul”. Manoloiu a fost acuzat că, în contextul validării de către Curtea Constituţională a referendumului pentru demiterea preşedintelui Traian Băsescu din iulie 2012, a trimis două adrese contradictorii privind numărul cetăţenilor români înscrişi pe listele electorale permanente.
La solicitarea judecătorilor Curţii Constituţionale, Ministerul de Interne condus de Ioan Rus, prin Direcţia de Evidenţă a Persoanelor condusă de Constantin Manoloiu, a trimis o adresă prin care atesta că numărul românilor cu drept de vot, pe listele electorale permanente, este de aproximativ 18,2 milioane de alegători.
A doua zi, MAI a revenit cu o a doua adresă către Curtea Constituţională, prin care Direcţia de Evidenţă a Persoanelor susţinea că nu îşi poate asuma o cifră exactă a numărului de alegători din România.
Procurorii susţin că Manoloiu a trimis această a doua adresă la solicitarea fostului secretar de stat în MAI, Nicolae Căbulea, urmărit penal în acelaşi dosar.
Ca urmare a acestor contradicţii ale unor instituţii oficiale, judecătorii Curţii Constituţionale au amânat aproape o lună decizia de validare a referendumului, care a fost negativă până la urmă, constatându-se că nu a fost atins pragul de prezenţă de 50% plus unul dintre alegătorii cu drept de vot.
Cu câteva zile înainte ca procurorii să înceapă ancheta, preşedintele suspendat Traian Băsescu i s-a adresat direct lui Manoloiu, într-o declaraţie publică de la celebrul garaj, acuzându-l că a minţit în ce priveşte cifra alegătorilor. „Nu ştiu dacă-i bine, domnul chestor! Mă tem că eu v-am făcut chestor. Nu ştiu dacă-i bine, domnul chestor!”, i-a spus Băsescu, fără să îi dea numele.
Cifra alegătorilor era elementul cheie pe care USL şi-a clădit strategia prin care solicita validarea referendumului şi demiterea lui Traian Băsescu. Cu cât această cifră era mai mică, cu atât pragul de prezenţă era mai mic şi astfel referendumul putea fi validat.
Ministrul Radu Stroe a fost, la vremea respectivă, un susţinător vocal al teoriei că numărul alegătorilor români este mult mai mic decât cifra oficială. Stroe a susţinut ideea premierului Victor Ponta, de a efectua un mini-recensământ la nivel naţional. Stroe a propus ca acest demers să fie dus la îndeplinire de către administratorii de blocuri.