Pentru a adăuga un „twist” poveştii, în partea a treia a jocului, vânatul devine vânător, iar personajul principal, Prophet, este plasat în domul construit de către Corporaţia Cell, cu numele Nanodome. Domul cuprinde întreaga metropolă New York, împărţind-o în şapte zone, numite şi “Cele şapte minuni”. Zonele sunt dominate de păduri tropicale, terenuri mlăştinoase şi ape curgătoare. Acest mediu necesită noi arme de foc, dar şi noi tactici. Eroul nostru va avea, printre altele, un arc letal, un nou Nanosuit şi tehnologie extraterestră pentru a-l face cel mai periculos vânător de pe planetă.
Acţiunea se desfăşoară iîn anul 2047, iar Prophet se află într-o misiune pentru a se răzbuna, după ce a descoperit adevărul din spatele motivelor pentru care corporaţia Cell a construit Nanodomurile pentru carantină.
Jucătorii pot precomanda Crysis 3 Hunter Edition şi vor beneficia de prioritate la accesarea conţinutului din joc, cât şi un modul al Nanosuitului care va permite adăugarea unor puncte de putere şi funcţionalităţi pentru constum.