Stephan Beckenbauer a evoluat timp 5 ani pentru echipa a doua a bavarezilor, în CV-ul său mai apărând formaţii ca TSV 1860 München şi Kickers Offenbach. Din 1998, de când se lăsase de fotbal, fostul mijlocaş se ocupa de sectorul de juvenil al lui Bayern (cu precădere de echipa U17), unde aducea talente din toată Germania.
Beckenbauer era căsătorit şi avea trei băieţi, iar în urmă cu mai mulţi ani i se depistase o boală incurabilă. S-a luptat până la final cu aceasta, încercând să ducă o viaţă normală, dar în cele din urmă a murit.