Cele şase excepţii de neconstituţionalitate au fost invocate din oficiu de către instanţă (excepţie referitoare la dispoziţiile art. 20 alin. (1) şi art. 21 alin.(1) din Codul de procedură penală), dar şi de inculpaţii Vasile Dobrinoiu (art. 56 alin. (5) din Cpp); Petre Peter (art. 439 alin. (1) din Codul penal); Mugurel Florescu (art. 311 şi art. 31 alin. (1) lit.d) teza a II-a din Legea nr. 304/2004 privind organizarea judiciară); Virgil Măgureanu (art. 56 alin. (5) din Cpp).
De asemenea, a fost admisă o cerere de sesizare a CCR invocată de preşedintele Asociaţiei Victimelor Mineriadei 13 – 15 iunie 1990 din România, Viorel Ene, în legătură cu dispoziţiile art. 21 alin. (1) din Cpp, art. 282 alin. (1) din Cpp şi art. 346 alin. 4 din Cpp.
Pe de altă parte, instanţa a respins alte excepţii ridicate de Teodor Mărieş şi Asociaţia 21 Decembrie 1918, Ene Viorel şi Asociaţia Victimelor Mineriadei 13 – 15 iunie 1990 din România, precum şi cereri formulate de mai multe părţi vătămate.
Pe 13 iunie 2017, Parchetul Militar i-a trimis în judecată pe: Ion Iliescu, la data faptelor preşedinte al Consiliului Provizoriu de Uniune Naţională (CPUN) şi preşedinte al României; Petre Roman, fost prim-ministru; Gelu Voican Voiculescu, fost viceprim-ministru; Virgil Măgureanu, fost director al Serviciului Român de Informaţii; general (rez.) Mugurel Cristian Florescu, adjunct al procurorului general şi şef al Direcţiei Procuraturilor Militare.
De asemenea, au fost deferiţi justiţiei: amiral (rez.) Emil „Cico” Dumitrescu, la data faptelor membru al CPUN şi şef al Direcţiei Generale de Cultură, Presă şi Sport din cadrul Ministerului de Interne; Cazimir Ionescu, vicepreşedinte al CPUN; Adrian Sârbu, şef de cabinet şi consilier al prim-ministrului; Miron Cozma, preşedinte al Biroului Executiv al Ligii Sindicatelor Miniere Libere „Valea Jiului”; Matei Drella, lider de sindicat la Exploatarea Minieră Bărbăteni; Plăieş Cornel Burlec, ministru adjunct la Ministerul Minelor; general (rez.) Vasile Dobrinoiu, comandant al Şcolii Militare Superioare de Ofiţeri a Ministerului de Interne; colonel (rez.) Petre Petre, comandant al Unităţii Militare 0575 Măgurele aparţinând Ministerului de Interne; Alexandru Ghinescu, director al IMGB.
Procurorii militari susţin că, în zilele de 11 şi 12 iunie 1990, autorităţile statului au hotărât să declanşeze un atac violent împotriva manifestanţilor aflaţi în Piaţa Universităţii din Bucureşti, care militau în principal pentru adoptarea punctului 8 al Proclamaţiei de la Timişoara şi îşi exprimau, în mod paşnic, opiniile politice, în contradicţie cu cele ale majorităţii care forma puterea politică la acel moment.
În acest atac au fost implicate, în mod nelegal, forţe ale Ministerului de Interne, Ministerului Apărării Naţionale, SRI, precum şi peste 10.000 de mineri şi alţi muncitori din mai multe zone ale ţării.
Atacul a fost pus în practică în dimineaţa zilei de 13 iunie 1990, având următoarele consecinţe: moartea prin împuşcare a 4 persoane, vătămarea integrităţii fizice sau psihice a unui număr total de 1.388 de persoane, privarea de dreptul fundamental la libertate, din motive de ordin politic, a unui număr total de 1.250 de persoane.
În cadrul acestei acţiuni, peste 200 de persoane au fost ridicate şi transportate la o unitate militară a Ministerului de Interne din localitatea Măgurele, unde au fost reţinute până în după-amiaza aceleiaşi zile, când au fost lăsate să plece, după o cercetare sumară.
Conform hotărârii luate de preşedintele CPUN, prim-ministrul, viceprim-ministrul, conducători ai instituţiilor de forţă, precum şi de persoane din conducerea FSN, în Piaţa Universităţii au fost aduşi muncitori de la Întreprinderea de Maşini Grele Bucureşti, coordonaţi de directorul acesteia. Muncitorii s-au manifestat violent, agresând fizic persoanele întâlnite în zona Institutului de Arhitectură, după care au ocupat Piaţa Universităţii împreună cu forţele de ordine, pentru a împiedica revenirea manifestanţilor.
Acţiunile întreprinse de autorităţile statului au generat o ripostă violentă din partea opozanţilor, astfel că au fost incendiate sediile Poliţiei Capitalei, Ministerului de Interne, Televiziunii Române şi SRI.
Procurorii mai arată că forţele de ordine au făcut uz de armă cu muniţie de război, în aceste împrejurări fiind împuşcate mortal 4 persoane, iar alte 3 fiind rănite, de asemenea, prin împuşcare.
Represiunea autorităţilor a continuat în zilele de 14 şi 15 iunie 1990, printr-un atac sistematic desfăşurat împreună cu minerii şi muncitorii din mai multe judeţe ale ţării, care deveniseră o adevărată forţă de ordine, paralelă cu cele recunoscute şi organizate potrivit legii. În acest context, minerii aduşi în Bucureşti au devastat sediile partidelor politice nou înfiinţate sau reînfiinţate după Revoluţia din decembrie 1989 şi care se aflau în opoziţie. De asemenea, au agresat locuitori ai Bucureştiului şi alte persoane având legătură cu manifestaţiile din Piaţa Universităţii, imaginile cu actele de violenţă comise de mineri pe străzile oraşului fiind mediatizate în întreaga lume.
Ion Iliescu este acuzat de procurorii militari că el este cel care a dat ordinul pentru evacuarea în forţă a manifestanţilor din Piaţa Universităţii, inclusiv prin folosirea unor muncitori din marile întreprinderi din Bucureşti.