Fillon a fost inculpat pe 14 martie pentru deturnare de fonduri publice, complicitate și tăinuire a unui abuz de bunuri sociale, infracțiuni legate de angajarea soției și copiilor lui pe posturi fictive. La sfârșitul lui iulie, însă, procurorii au decis să îi confere calitatea de „martor asistat”, intermediară — conform dreptului francez — între statutul de martor și cel de inculpat. Infracțiunea reținută este de escrocherie cu circumstanțe agravante, pentru tăinuirea căreia a fost inculpată în martie și soția fostului prim-ministru, Penelope Fillon.
Suspiciunile că Fillon și-a angajat soția și copiii în parlament, pe funcții pentru care nu au prestat activități, au apărut în ianuarie. Ancheta urmărește și salariile încasate de Penelope Fillon din mai 2012 până în decembrie 2013 de la o revistă literară a omului de afaceri Marc Ladreit de Lacharriere, apropiat al fostului premier.
O altă direcție a investigațiilor vizează activitățile firmei 2F Conseil, înființată de Fillon în 2012 și beneficiară a unor contracte în valoare de aproximativ 200.000 de euro. La scurt timp după deschiderea acestei firme, Francois Fillon a fost reales deputat, iar ca urmare e posibil să se fi aflat în conflict de interese.
După eșecul la alegerile prezidențiale, Fillon s-a retras din activitatea politică, la vârsta de 63 de ani.