Generalul Ilie Botoş a deţinut funcţia de adjunct al directorului general al DGIA, generalul Gheorghe Savu.
Conform Legii privind organizarea şi funcţionarea MApN, directorul general al DGIA este numit de către ministrul Apărării, cu aprobarea Consiliului Suprem de Apărare a Ţării. Funcţia de director general este asimilată funcţiei de secretar de stat.
Direcţia Generală de Informaţii a Apărării asigură obţinerea, prelucrarea, verificarea, stocarea şi valorificarea informaţiilor şi datelor referitoare la factorii de risc şi ameninţările interne şi externe, militare şi nonmilitare, care pot afecta securitatea naţională în domeniul militar, coordonează aplicarea măsurilor contrainformative şi cooperarea atât cu serviciile/structurile departamentale naţionale şi de informaţii, cât şi cu cele ale statelor membre ale alianţelor, coaliţiilor şi organizaţiilor internaţionale la care România este parte şi asigură securitatea informaţiilor clasificate naţionale, NATO şi Uniunea Europeană la nivelul Ministerului Apărării.
Personalul Direcţiei îşi desfăşoară activitatea deschis sau acoperit, în raport cu nevoile de realizare a securităţii naţionale în domeniul militar. Pentru culegerea de informaţii în teatrele de operaţii şi pentru lupta împotriva terorismului, Direcţia Generală de Informaţii a Apărării poate avea în subordine structuri combatante.
În 21 iulie 2006, Ilie Botoş şi-a dat demisia din funcţia de procuror general al României, ca urmare a fugii din România a lui Omar Hayssam (condamnat în lipsă la 20 de ani de închisoare pentru implicare în răpirea a trei reporteri în Irak).
Fuga lui Hayssam a generat, pe lângă demisia generalului magistrat Botoş, şi demisiile a trei şefi de servicii secrete.