Organizația a sesizat încălcarea directivelor europene în următoarele situații: extinderea unei cariere de piatră în Parcul Național Defileul Jiului (sit Natura 2000), construirea de microhidrocentrale în zona munților Făgăraș, tot pe teritoriul unei zone protejate Natura 2000, construcții ilegale în Parcul Natural Porțile de Fier, pe teritoriul a două zone protejate, defrișări ilegale derulate în pădurea Surlari, de lângă București, pentru a face loc autostrăzii București-Brașov. Autoritățile reclamate sunt Ministerul Mediului și Pădurilor, Ministerul Transporturilor, Compania Națională pentru Autostrăzi și Drumuri Naționale, Inspectoratul de Stat în Construcții și Romsilva.
În Parcul Natural Porțile de Fier și situl Natura 2000 de importanță comunitară, proprietarii terenurilor (atât persoane fizice cât și persoane juridice) au construit case și infrastructură turistică; în mod abuziv, pe titlurile de proprietate ale terenurilor respective este inclusă și albia Dunării, unde s-a construit ilegal, lucrările afectând iremediabil habitatul local.
În Parcul Național Defileul Jiului și în situl Natura 2000 este situată cariera de piatră Meri, care a funcționat inițial pe 9 hectare de teren, în partea sudică a Parcului Național. Licența de funcționare a carierei a expirat în 2010, iar Agenția de Protecția Mediului a refuzat să prelungească licența, cariera situându-se într-o zonă protejată. Consiliul Științific al Parcului Național Defileul Jiului a refuzat, de asemenea, să ridice statutul de protecție pentru 67 de hectare din parc, necesare extinderii carierei. Din acest motiv compania care deține cariera a acționat în instanță Consiliul Științific, iar în decembrie 2012, printr-un ordin al Ministrului Mediului, a fost ridicat statutul de protecție pentru 17,6 hectare de teren din parc, pentru extinderea carierei Meri.
Directiva Habitate este încălcată și în cazul construcției de microhidrocentrale în munții Făgăraș, unde este afectat din nou sit Natura 2000, din cauza construcțiilor microhidrocentralelor, care s-au extins, în mod ilegal și în albia râurilor Capra, Buda, Otic și Izvorul Mircea. De asemenea, pentru aceste construcții este prevăzută și defrișarea a peste 19 hectare de pădure.
„Cazurile pe care Greenpeace le aduce în atenția Comisiei Europene sunt foarte grave, afectând situri protejate și elemente de biodiversitate importante la nivel european. Este cu siguranță un semnal de alarmă care arată că în România există deficiențe în respectarea statutul de protecție al zonelor naturale. Sperăm ca aceste plângeri, depuse și înregistrate la Comisia Europeană, să contribuie la prevenirea cazurilor de acest fel pe viitor”, declară Doina Danciu, coordonator de campanii al Greenpeace România.
Autoritățile române au încălcat alte două directive europene în decursul construirii autostrăzii București-Brașov, prin defrișarea unei suprafețe de pădure de 4,2 hectare, pentru a construi doar 850 de metri de autostradă. Suprafața respectivă se află într-un sit Natura 2000, situat pe raza comunei Moara Vlăsiei. Deși autoritățile respective au aprobarea de a defrișa zona respectivă cu condiția de a reîmpăduri o suprafață adiacentă de trei ori mai mare, aceste măsuri compensatorii nu au fost duse la îndeplinire.