Potrivit ordonanței întocmite de Parchetul Militar, inițial, Ion Iliescu a fost cercetat pentru trei infracțiuni: propagandă pentru război, genocid (săvârșit prin: uciderea membrilor colectivității sau grupului, vătămarea gravă a integrității fizice sau mintale a colectivității sau grupului, supunerea colectivității sau grupului la condiții de existență sau tratament de natură să ducă la distrugerea fizică) și tratamente neomenoase prin dislocare sau lipsirea de libertate fără temei legal.
Dosarul Mineriada: Ion Iliescu şi Petre Roman şi-au aflat acuzaţiile
Ulterior, procurorii militari au dispus schimbarea încadrării în infracțiuni contra umanității constând în aceea că „în zilele de 11-12.06.1990, în calitate de președinte al Consiliului Provizoriu de Uniune Naționala (CPUN), împreună cu Roman Petre, Măgureanu Virgil, Voiculescu Gelu-Voican, Dumitru S. Nicolae, general (rez.) Chițac Mihai, general-maior (rez.) Diamandescu Corneliu, general maior (rez.) Florescu Mugurel și alții, a decis reprimarea violentă a manifestației din Piața Universității, în baza acestei hotărâri fiind declanșat, în dimineața zilei de 13.06.1990, un atac asupra unei populații civile, la care au participat forțele militare ale Ministerului de Interne, Ministerului Apărării Naționale și Serviciului Român de Informații, atac soldat cu decesul a patru persoane și rănirea a altor trei prin împușcare, precum și vătămarea corporală și lipsirea de libertate a aproximativ 270 de persoane”.
Procurorii mai susțin că Ion Iliescu, Petre Roman, Virgil Măgureanu, Gelu Voican Voiculescu, Nicolae Dumitru, Corneliu Diamandescu, Mihai Chițac și Mugurel Florescu au decis, pe data de 13 iunie 1990, organizarea unei deplasări la București a unui număr de peste 10.000 de mineri din Valea Jiului, care au continuat atacurile din Piața Universității asupra populației civile, provocând vătămarea corporală și lipsirea de libertate a aproximativ 1.000 persoane.
Ion Iliescu, prima reacţie publică după redeschiderea dosarului Mineriada
În același dosar mai sunt urmăriți penal fostul director al SRI Virgi Măgureanu, general-maior (rez.) Corneliu Diamandescu, gen (rez.) Peter Petre (fost comandant al U.M. 0575 Măgurele), gen (rez.) Vasile Dobrinoiu (fost comandant al U.M. 0828 Băneasa — Școala Militară Superioară de Ofițeri a MAI), viceamiral (rez.) Emil „Cico” Dumitrescu (fost șef al Direcției Generale de Cultură, Presă și Sport din MAI), general maior (rez.) Mugurel Florescu (fost șef al Parchetului Militar), Nicolae Dumitru (fost vicepreședinte al FSN), Cazimir Ionescu (fost vicepreședinte al CPUN).
De asemenea, mai mulți lideri de sindicat și directori de mine, precum și alți oficiali au fost puși sub acuzare pentru că au organizat deplasarea în Capitală a minerilor din Valea Jiului: Miron Cozma (fost președinte al Ligii Sindicatelor Miniere Libere „Valea Jiului”), Cornel Burlec Plăieș (fost ministru adjunct al Ministerului Minelor) — i-a preluat pe mineri la sosirea în Gara de Nord; Gheorghe Dobre (fost director Regionala CFR Craiova) — a asigurat condiții pentru ca trenurile cu mineri să aibă drum liber până în Capitală; cpt. (rez) Nicolae Cămărășescu (fost inginer la Exploatarea Minieră Aninoasa), Ștefan Bacs (fost lider de sindicat la Mina Lonea), Nicolae Ciocan (fost lider de sindicat la Exploatarea Minieră Deva), Nicolae Stanca (fost director Exploatarea Minieră Deva), Viorel Temelescu (fost lider de sindicat la Exploatarea Minieră Motru), Nicolae Miclăuș (fost lider de sindicat la Exploatarea Minieră Țebea), Petre Doroftei (fost director E.M. Țebea), Petru Braiț (fost lider sindical la E.M. Petrila), Matei Drella (fost lider sindical la Mina Bărbăteni), Gheorghe Marchiș (fost director la E.M. Petroșani), Ioan Constantin Ilinescu (fost inginer E.M. Aninoasa), Gheorghe Soltănel (fost director E.M. Comănești), col (rez.) Dumitru Bondoc (militar activ la Secția de Informații Gorj-Biroul Motru).
În același dosar, procurorul general Tiberiu Nițu a solicitat președintelui Klaus Iohannis declanșarea procedurilor pentru formularea cererii de urmărire penală față de Petre Roman, Victor Atanasie Stănculescu și Gelu Voican Voiculescu sub aspectul săvârșirii infracțiunii contra umanității, întrucât faptele cercetate s-au petrecut în perioada în care aceștia aveau calitatea de miniștri.