În noiembrie 2009, în contextul campaniei electorale pentru alegerile prezidențiale, Klaus Werner Iohannis a declarat că a vorbit la telefon cu Traian Băsescu despre numirea sa în funcția de prim-ministru al României de către președinte, fiind dispus să stabilească o întâlnire cu acesta.
„Domnul presedinte Traian Băsescu m-a sunat și am avut o discuție săptămâna trecută și a dorit să avem o întrevedere ca să discutam situația politică. Zilele astea voi stabili o întalnire dacă agendele noastre sunt compatibile”, a declarat Klaus Iohannis pe data de 30 noiembrie 2009.
La acel moment, Iohannis era susținut de candidatul Mircea Geoană și de președintele PNL Crin Antonescu pentru a ocupa funcția de premier, dar era lăudat și de către Traian Băsescu, care a precizat că într-un alt context politic nu ar fi refuzat numirea acestuia.
„Vreau să ştiţi că nu am nimic, dimpotrivă, am o apreciere deosebită pentru Iohannis, dar nici măcar din respect pentru primarul Iohannis nu puteam să las să se întâmple un lucru împotriva democraţiei”, le-a spus Traian Băsescu sibienilor în data de 15 noiembrie 2009, la începutul mitingului electoral desfăşurat în Piaţa Mare.
Totuși, Traian Băsescu a precizat la momentul respectiv că nominalizarea nu a fost una serioasă, contracandidații săi dorind „să facă o farsă românilor, profitând de naivitatea primarului Iohannis”. Această caracterizare a primarului Sibiului de către președinte este relevantă și acum, fiind o posibilă explicație pentru ușurința cu care Traian Băsescu reușește să-l controleze pe Klaus Iohannis.
Acestea nu sunt singurele exemple care demonstrează că Iohannis și Băsescu au avut, de-a lungul anului 2009, o relație apropiată.
La alegerile europarlamentarele din 2009, Klaus Iohannis a susţinut din umbră candidatura Elenei Băsescu pentru o poziție în Parlamentul European. Ulterior, Elena Băsescu şi-a deschis și un cabinet de europarlamentar în sediul PDL Sibiu de pe bulevardul Nicolae Bălcescu din municipiu, ea declarând atunci că va veni o dată pe lună la acest birou.
Mai mult, edilul Sibiului a insistat în 2008, 2009 și 2010 ca preşedintele Traian Băsescu să se deplaseze la Sibiu să-şi ridice titlul de Cetăţean de Onoare al municipiului, care i-a fost decernat în 2007. La finalul anului 2008, Klaus Iohannis a mărturisit că este dezamăgit de faptul că preşedintele Traian Băsescu nu a răspuns în nici un fel la invitaţie. Acest titlu onorific pe care Iohannis a dorit să i-l acorde președintelui a fost, probabil, o replică la decorația primită la Cotroceni în 2007.