Piramida a fost în trecut „casa” sistemului de apărare anti-rachetă american, în timpul Războiului Rece, sperând să poată doborî rachetele sovietice înainte ca acestea să îşi atingă ţintele şi să omoare, probabil, mii de americani.
Piramida din Nekoma face parte dintr-un complex militar cunoscut drept Stanley R. Mickelsen Safeguard Complex şi denumit astfel după generalul american Stanley Mickelsen.
Construcţia complexului a fost terminată în 1975, iar piramida a găzduit radarul bazei militare, care scana în toate direcţiile în căutarea obiectelor zburătoare ce ar putea pune în pericol SUA. Clădirea radarului era dotată şi cu 30 de rachete Spartan, precum şi alte 16 rachete de rază mai scurtă, Sprints.
Locaţia exactă a piramidei este explicată doar ca „nord-est de Tactial Road, sud-este de Tactical Road South”, o zonă puţin populată din cel mai puţin populat stat american.
Pe 10 februarie 1976, complexul a fost dezactivat în mod oficial, la mai puţin de un an de când începuse să funcţioneaze. Biblioteca Congresului a făcut publice mai multe fotografii cu baza militară, realizate de Benjammin Halpern.