În cariera sa, Goran Markovic a jucat pentru Dinamo Pancevo, Glogonj, PSK Pancevo, Radnik Bijeljina, Obilic, Cukaricki, Zrinjski, Zeljeznicar Sarajevo, Jedinstvo Bihac, Slavia East Sarajevo și Metalleghe.
Cea mai lungă perioadă a petrecut-o în fotbalul din Bosnia-Herţegovina, el jucând pentru Zeljeznicar Sarajevo și Zrinjski Mostar.
Goran Markovic a evoluat pe postul de fundaş dreapta şi mijlocaş defensiv. Presa sârbă scrie că în ciuda intervenţiei rapide a medicilor, Goran Markovic nu a mai putut fi salvat şi a murit după câteva ore la spital.