Numele lui Guardiola apare pe o listă a separatiştilor întocmită de poliţia spaniolă, aici fiind trecuţi oamenii care au ajutat la organizarea referendumului pentru independenţa Cataloniei, care s-a desfăşurat în tamnă, în ciuda nerecunoaşterii sale de către Guvernul de la Madrid.
Pe data de 11 iunie, Pep Guardiola a citit cu voce tare un manifest favorabil independenței Cataluniei sale natale. Potrivit poliției, acțiunile lui Guardiola au ajutat la mobilizarea separatiștilor.
Pep Guardiola a jucat în culorile Barcelonei timp de 11 ani, după care a fost antrenorul principal al echipei, timp de patru sezoane. În ziua în care guvernul spaniol a decis să suspende autonomia Cataluniei, Guardiola a scris că este un moment „trist pentru Europa și democrație”.