Cătălin Ioniţă şi-a obţinut doctoratul, suspectat ca ar fi un plagiat masiv, la Academia de Poliţie în anul 2014. Pentru că, timp de doi ani, Poliţia Română – el fiind atunci şeful investigatorilor de criminalitate economică – nu i-a plătit sporul lunar pentru acest titlu a acţionat instituţia în instanţă.
Conform Digi 24, Ioniţă S-a judecat doi ani cu Inspectoratul General de Poliţie. În septembrie 2018 a câştigat definitiv la Curtea de Apel Bucureşti. Instanţa a decis ca acestuia să îi fie plătiţi retroactiv banii pe perioada 2014 – 2016, fiind vorba despre o sumă considerabilă.
În 28 ianuarie 2019, Press One relata că Ioniţă a plagiat întreaga sa teză de doctorat, de la prima până la ultima pagină, la o lună după ce News.ro a scris că o parte dintr-un capitol al lucrării de doctorat a lui Cătălin Ioniţă, intitulată „Criminogeneza infracţiunilor cibernetice” şi susţinută în 2012, este identică unui fragment dintr-un articol cu titlul „Probleme juridice privind conţinuturile negative din Internet” apărut în 2003 într-o publicaţie juridică. Ioniţă a declarat la acel moment pentru News.ro că susţine în continuare că a făcut totul cu bună credinţă şi că a urmat recomandările făcute de coordonatorul lucrării lui. Coordonatoarea tezei de doctorat, profesor universitar Ştefania Georgeta Ungureanu, a fost condamnată pe fond la închisoare cu suspendare, pentru că a înşelat Academia de Poliţie, precum şi nouă doctoranzi ai acestei instituţii.
Cătălin Ioniţă a ţinut să precizeze că a făcut lucrarea dintr-o convingere personală, nu pentru titlu, şi că nu a urmărit să beneficieze de bani. „Oricum, suma pe care o primesc pentru titlul de doctor nu cred că va acoperi vreodată munca şi absenţa mea din familie”, a spus Cătălin Ioniţă.
La sfârşitul lui ianuarie 2019, Consiliul Naţional de Atestare a Titlurilor, Diplomelor şi Certificatelor Universitare (CNATDCU) a fost sesizat în legătură cu lucrarea sa de doctorat.
Jurnalista Emilia Şercan, cea care a relatat despre faptul că întreaga teză de doctorat a lui Ioniţă este un plagiat, relata recent că în 30 ianuarie Comisia de Etică a Academiei de Poliţie a fost sesizată în legătură cu plagiatul, iar după lege trebuia să se pronunţe până în data de 17 martie asupra tezei de doctorat. Tot Emilia Şercan a scris că la patru zile după apariţia articolului referitor la plagiat, Ioniţă s-a internat în spital şi de atunci este într-un concediu medical prelungit de la săptămână la săptămână, sugerâd că acesta, care are aproape 43 de ani, ar intenţiona să se pensioneze.