Potrivit mediafax.ro, instituţiile ale căror baze de date sunt protejate de SRI sunt : Parchetul General, DIICOT, DNA, CSM, Ministerul Dezvoltării Regionale şi Administraţiei Publice, Agenţia Spaţială Română, Consiliul Concurenţei, Camera Deputaţilor, Senatul, Uniunea Executivă pentru Finanţarea Învăţământului Superior, a Cercetării. Dezvoltării şi Inovării, Agenţia Naţională a Funcţionarilor Publici, Banca Naţională a României, Oficiul Naţional de Prevenirea şi Combaterea Spălării Banilor, Agenţia Naţională pentru Resurse Minerale, Cancelaria Prim Ministrului, Curtea de Conturi a României, Casa Naţională de Asigurări de Sănătate, Casa Asigurărilor de Sănătate a Apărării, Ordinii Publice, Siguranţei Naţionale şi Autorităţii Judecătoreşti, Ministerul Sănătăţii, Autoritatea Naţională pentru Restituirea Proprietăţilor, Ministerul Transporturilor, Ministerul pentru Societatea Informaţională, Centrul Naţional de Management pentru Societatea Informaţională, CERT-RO, Institutul Naţional de Cercetare-Dezvoltare în Informatică, Ministerul Agriculturii şi Dezvoltării Rurale, Agenţia de Plăţi pentru Dezvoltare Rurală şi Pescuit, Agenţia de Plăţi pentru Intervenţie în Agricultură, Agenţia Naţională pentru Ameliorare şi Reproducţie în Zootehnie, Ministerul Mediului şi Schimbărilor Climatice şi Departamentul Ape şi Păduri, Autoritatea de Management pentru Programul Operaţional Sectorial Mediu, Ministerul Economiei, Ministerul Muncii, Agenţia Naţională pentru Plăţi şi Inspecţie Socială, Agenţia Naţională pentru Ocuparea Forţei de Muncă, Inspecţia Muncii, Autoritatea de Management pentru Programul Operaţional Sectorial Dezvoltarea Resurselor Umane, Casa Naţională de Pensii Publice, Departamentul de Informaţii şi Protecţie Internă al MAI, Ministerul Culturii, Statul Major General al MApN, Direcţia Generală de Informaţii a Apărării din MApN, STS, SPP, ORNISS, Comisia Naţională pentru Cpntrolul Activităţii Nucleare, INS, Agenţia Naţională de Cadastru, Ministerul Justiţiei, Direcţia Generală Sistemul Naţional Antigrindină şi de Creştere a Precipitaţiilor, Ministerul Educaţiei.
Cel mai dezbătut protocol al Serviciului Român de Informaţii (SRI) este cel încheiat cu Parchetul General, care a fost adus în discuţie de asociaţiile de magistraţi. Uniunea Naţională a Judecătorilor din România (UNJR) şi Asociaţia Magistraţilor din România (AMR) au solicitat Consiliului Suprem de Apărare a Ţării (CSAT) desecretizarea documentului. UNJR spunea că relaţiile dintre parchete şi serviciile de informaţii s-au materializat în “constituirea de echipe mixte, cu reprezentanti ai organelor de urmărire penală, în scopul contracarării riscurilor derivate din derularea unor activităţi cu caracter infracţional”.
„Jobul nostru era să informăm, este şi astăzi, iar înainte de decizia CCR aveam şi bligaţia să punem în executare mandatul de supraveghere tehnică. Acum, aceste protocoale nu mai sunt valabile”, a explicat SRI.