Acuzat în ianuarie 1990 de genocid, alături de alţi „grei” ai PCR, Manea Mănescu, Tudor Postelnicu şi Ion Dincă, Emil Bobu a fost condamnat iniţial la închisoare pe viaţă, ulterior pedeapsa fiind schimbată în doar 10 ani de detenţie, scrie libertatea.ro. A ieşit mult mai repede, după câţiva ani, pe caz de boală, şi a avut grijă să răspândească zvonul că s-a retras la ţară. Dovadă că a fost o persoană foarte importantă, Emil Bobu a fugit pe 22 decembrie alături de cuplul Ceauşescu cu elicopterul de pe Comitetul Central. Reporterii libertatea.ro l-a găsit după mai multe luni de căutări. În prezent, Emil Bobu trăieşte o viaţă liniştită, iese să-şi cumpere lapte şi pâine, se relaxează în parc şi ajută cerşetorii. „Nu am eu foarte mulţi bani, dar le dau câţiva firfirei. Sunt oameni amărâţi, care vin şi cerşesc. Trebuie să le dai”a spus Emil Bobu pentru libertatea.ro.
Cei care l-au cunoscut şi care au scris de-a lungul timpului despre Emil Bobu, l-au supranumit „sluga perfectă” a soţilor Ceauşescu. Din dorinţa de a-i fi pe plac fie Elenei, fie lui nea Nicu, Emil Bobu ajunsese să aprobe din cap orice început de frază al celor doi, fără să mai aştepte finalul enunţului.