Principalele deficiențe constatate sunt: nerealizarea indicatorilor prevăzuți în Bugetul de Venituri și Cheltuieli aprobat pentru anii 2014, 2015, în sensul înregistrării unor pierderi mai mari față de nivelul estimat, nerespectarea prevederilor Codului Muncii și ale Regulamentului Intern în ceea ce privește întocmirea pontajelor și evidența prezenței personalului Direcției Tehnice, nerespectarea procedurilor de angajare / recrutare, implementate la nivelul companiei și neangajarea de personal corespunzător numărului și specializării personalului plecat din companie (ca urmare a ieșirii la pensie și plecări voluntare).
De asemenea, au fost identificate o serie de probleme care conduc la desfășurarea cu dificultate a activității curente, printre care faptul că analizele periodice ale defectelor apărute la aeronavele companiei nu reflectă întotdeauna situația reală (o parte din întârzierile raportate ca având o cauză tehnică sunt de fapt provocate de probleme de natura organizatorică).
Totodată, autoritățile de control au constatat că, din rațiuni economice, secția de întreținere de linie Airbus/ATR a funcționat în anii 2014 și 2015 fără un stoc minim necesar, aprovizionarea cu piese și componente efectuându-se în regim de urgență ceea ce a condus la achitarea unor prețuri mult mai mari față de normal.