Serge Baguet era născut pe 18 august 1969, la Opbrakel, în Flandra Occidentală, şi era fiul unui ciclist profesionist din anii ’60, Roger Baguet. Serge şi-a început cariera la echipa Lotto, în 1991, iar în 1996 a abandonat temporar cariera sportivă, pentru a se dedica meseriei de tinichigiu.
S-a reîntors cu succes în anul 2000, iar în 2001 a reuşit să câştige etapa a 17-a din Turul Franţei, Brive-Montluçon. În acelaşi an a închieat pe locul trei celebra cursă Amstel Gold Race şi a fost al doilea în Coppa Sabatini. În anul 2005, Serge Baguet a devenit campion naţional al Belgiei pe şosea. În 2006 şi 2007 el a concurat pentru echipa Quick Step.
În anul 2014 Serge Barguet a fost diagnosticat cu cancer la colon, maladie care avea să-i provoace moartea.